据《东流具志》、《建德县志》记载：虞、夏、商、周属扬州地，秦属九江郡、鄣郡。西汉分属豫章郡彭泽、鄱阳县和丹阳郡石城县地。东汉不变。三国时属吴国彭泽、丹阳、鄱阳三郡地。晋分属豫章郡彭泽县、鄱阳郡鄱阳县、宣城郡石城县地。南朝宋、齐，分属扬州宣城郡石城、历陵县地和江州鄱阳郡鄱阳、浔阳郡彭泽县地，梁、陈二代在今县境设南太原郡，置和城（今东流镇）、晋阳（今张溪一带）两县，属南豫州。隋平陈后，太原郡及和城、晋阳两县并废，地分属浔阳郡龙城县、九江郡彭泽县和宣州郡秋浦县、饶州鄱阳郡鄱阳县。唐至德二年（757），分秋浦、鄱阳两县地在梅城置至德县，以年号为县名，属江南西道浔阳郡。乾元元年（758）属饶州，永泰元年（765）改属池州。会昌初（841—846），在原和城县旧址建东流场，属江州彭泽县。《方舆纪要》载，五代杨吴顺义二年（922）改至德为建德县，仍属池州，历南唐不变。南唐保大十一年（953），升东流场为东流县，属江州。北宋太平兴国三年（978），改属池州池阳郡，并割贵池之晋阳乡益东流。两宋时东流、建德两县均属江南东路池州池阳郡。元初属江淮行省，元二十一年（1284）改属江浙行省，元二十三年属江浙行省池州路。明和清初属池州府。明洪武初，池州路为九华府、华阳府，后仍改为池州府，直隶南京。清顺治二年（1645）属江南省，康熙十五年（1676）属安徽省。雍正元年（1723）隶两江总督，雍正十一年属安徽省宁池太道。民国元年（1912）东流、建德两县直属安徽省。3年元月，建德县因与浙江省建德县重名改为秋浦县，3年6月至17年8月底属安徽省芜湖道。21年10月秋浦县复名至德县，同月改属安徽省第八专区。1949年4月22、23日两县先后解放，同年5月13日同属皖南行署池州专区。
中华人民共和国成立后，两县仍属皖南行署池州专区。1953年2月24日改属安徽省安庆专区。1959年5月15日，两县合并为东至县，以尧渡镇为县城，仍属安庆专区。1965年7月14日东至县改属池州专区，1971年3月29日专区改地区，隶属不变。1980年元月29日改属安庆行署。1988年9月2日，池州行署恢复，东至县复属池州行署