1861年,古生物学界发生了一件轰动全球的“大事”,那就是第一块始祖鸟化石被发现了。这件既具爬行动物构造又具鸟类特征的标本,被认为是从爬行动物进化为鸟类的实证,是最早的鸟类代表。
第一件始祖鸟标本是1861年在德国巴伐利亚州索伦霍芬(Solenhofen)附近的印板石石灰岩中找到的。这种石灰岩质地细腻,被作为印板石开采,属滨海相沉积,时代为晚侏罗世(距今1亿4千万年前)。工人们是在矿坑20米深处找到这件化石的。化石不仅保存有骨架,由于岩石质地细腻,连羽毛印痕也被清楚地保存下来了。只是头部不完全,且已与躯体分开。这标本现保存在大英自然博物馆,包括正、负两面。
相隔16年后,1877年,在距前一标本产地约10公里处的埃赤斯塔特(Eichstatt)附近,在相同的地层中采到了第二件始祖鸟化石。这件标本比第一件保存得好一些,不但有较完好的头部,其它部分也保存得多一些。该标本现保存在柏林博物馆。
第一件始祖鸟标本最先是由梅以尔(Hermannvon Meyer)研究的,并于 1861年 9月 30日的一封信中予以宣布,该信的有关部分后在德国的矿物、地质、古生物新年鉴上发表,他把该鸟命名为印板石古翼鸟(Archaeopteryx lithographica),我国俗称始祖鸟。后来,欧文(Richard Owen)对上述标本作了进一步的研究,于1863年在伦敦的皇家学会哲学汇刊上发表文章,把印板石古翼鸟更名为长尾古翼鸟(Archaeopteryx macrura)
1884年,达姆斯(W.Dames)在研究第二件始祖鸟标本时,又对第一件标本作了详细的观察和测量,经互相对比,得知第二件标本要比第一件小约十分之一。不过,他认为这是个体、年龄、性别上的差异,两者还应为同种。可到1897年,他从两标本肠骨构造不同着眼,另给柏林的那件标本取一种名——西门子古翼鸟(Archaeopteryx siemensi)。自此,始祖鸟便出现一属两种的记录。1921和1925年,皮特洛尼威克(B.Petronievics)对上述两件标本又作了详细对比,列举了它们间的15点差别,认为它俩不仅代表两个属,而且是两个科。他把柏林的标本叫西门子原鸟(Archaeornis siemensi),归原鸟科(Archaeornithidae);伦敦的仍叫印板石古翼鸟,归古翼鸟科(Archaeopterygidae)。
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