先秦时期
相传古代高阳氏在椒陵山（又名覆釜山，在今城内）建立古椒国。春秋时为楚椒邑，后为全氏居住，故名“全椒”。
两汉三国
西汉始置全椒县，初属淮南国。元狩元年（前122年）汉武帝复设九江郡，全椒改属九江郡，辖于扬州刺史部。
东汉建武二十七年（51年），全椒为侯国，属九江郡。建初四年（79年），全椒侯国改属下邳国。建安十一年（206年）国除，复为全椒县。三国时期全椒先属吴，后属魏，辖于淮南郡。
两晋南北朝
西晋复置全椒、阜陵县，属淮南郡。
东晋王导行“侨寄法”，侨置南谯州。废全椒县，侨置山桑县，属南谯州。
南北朝宋仍置南谯郡。永初年间（420~422年）全椒为山桑、酂县所在地，属南豫州。元嘉八年（431年）酂县划属历阳郡，后废帝元徽元年（473年），酂县又划属新昌郡。南齐，酂县改属临江郡。梁改南谯郡为北谯郡。
隋唐两宋
隋开皇（581~600年）初，废北谯郡，置滁州。大业（605~618年）初，州废，复为全椒县，属江都郡。
唐武德三年（620年）复置滁州，全椒县属之。天宝元年（742年），改滁州为永阳郡，辖全椒县。乾元元年（758年），改属滁州。　　宋代，全椒属滁州，隶属淮南路，后属淮南东路。
元明清
元全椒属滁州，初隶滁州路，后隶扬州路。
明初，废全椒县入滁州。洪武七年（1374年），以滁州隶凤阳府；十四年（1381年），复为全椒县，属滁州，仍隶凤阳府；十九年（1386年），升滁州为直隶州，全椒县属之。
清初，全椒县属江南行省。康熙六年（1667年），设安徽省，全椒县属之。后分属安庐滁和道。
民国时期
民国元年（1912年）4月，全椒县直属安徽省。三年至十七年，属淮泗道。十七年至二十一年，属安徽省。二十一年以后，属安徽省第五专区。
建国以后
1949年元月25日，全椒县解放。4月21日改属皖北行署滁县专区。1952年4月12日改属安徽省滁县专区。1956年元月12日改属安徽省蚌埠专区。1961年4月13日蚌埠专区仍划分为滁县、宿县两专区，全椒县属滁县专区。1971年3月29日，滁县专区改名为滁县地区，全椒县隶属不变。1993年元月5日，撤销滁县地区，设立滁州市（地级），全椒县属其管辖。