南姓起源较为复杂：相传夏禹的后代有以南为姓者；商王盘庚的妃子姜氏，夜梦赤龙入怀，怀孕十二月生一子，手握“南”字，长大后主管荆州，号“南赤龙”，其曾孙南仲在周初时为大夫，此为南姓主源；春秋时卫国公子郢，字子南，其后代有以南为姓；周朝楚国有子南氏，也称南氏；春秋时晋中市国有高士陷于南乡，因改姓南。历史上南姓在汝南、河东（今山西永济）、顿丘（今河南清丰西南）等地形成望族。历史名人：春秋鲁有南蒯。汉代算学家南季，唐代给事中南巨川、名将南霁云。明代陕西渭南南氏出现了数支大族，且显于世，有绍兴知府南大吉，南大吉之孙南企仲明末任南京吏部尚书，企仲子南居业、居仁也在朝任职，有清白之名。清代，云南昆明南氏一枝独秀，出现了江南提督南天祥、湖广提督南天章等到名人。
在河北、山东一带世代还流传着一个故事：明张皇后（河北沧县兴济人）修减河、建盘古庙，两兄弟占民田犯罪。1549年，子孙四处逃跑，后由张姓分东、南、西、北四个姓氏。明史含糊记载不祥。为此，有东南西北本姓张之说。在这里，南姓与东姓就论一家人。（此说限于河北、山东、天津一带，应与南方之南姓来源不同，）
总结来说南姓起源有五：　①、出自周代南仲之后，以祖名为氏。据《姓源韵谱》所载：商王盘庚妃姜氏，梦龙入怀，孕十二月而子，手握“南”字，长大后主管荆州，号“南赤龙”，其曾孙南仲周初为大夫，后世子孙遂以祖名为姓，称南氏。　②、出自姬姓，以祖字为氏。据《古今图书集成·氏族典》载“郑樵《通志》：以字为姓。南氏，姬姓卫灵公之子，公子郢，字子南，以字为姓。”春秋时卫国公子郢，字子南，其支孙以祖字为姓，称南氏。　③、出自春秋时晋国隐士之后，以地名为氏。春秋时，有晋国高士居隐于南乡(今山西)，其后代子孙以地名为姓，称南氏。　④、出自姒姓，源自夏禹之后，以国名为氏，为男氏所改。据《史记·夏本纪》“太史公曰：禹为姒姓，其后分封，用国为姓，故有夏后氏，有扈氏，有男氏……”索隐：“系本‘男’作‘南’”，称南氏。　⑤、出自他族，满族南姓来自那拉氏；今汉、藏、满、回、蒙古、朝鲜、僳僳等民族均有南姓。